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玉山支持全球多樣性保育公約，為促進永續生態發展及實現聯合國永續發展目標（SDG13 氣候行動、SDG14 海洋生態、SDG15 陸地生態），自然環境及生物多樣性發展策略以「物種保育、棲地維護、環境永續」為3大主軸，從自身做起，主動響應國際及國內環境永續倡議，於2022年主動加入TNFD（自然相關財務揭露）， 並於 2023 年成為加入TNFD先行者的企業。玉山於 2024 年 11 月發布「2023 氣候自然報告書」，為臺灣首本經BSI符合性查核成熟度等級為最高評級「Level 5：Excellence」的報告書，持續朝「人與自然和諧共存」的願景邁進。
自2019年起與國立海洋生物博物館合作「海龜保育計畫」，執行救傷醫療、海龜野放、生態教育等行動方案。
自2020年起與國立自然科學博物館推出 一系列北極熊保育活動。
自 2012年起結合臺北巿立動物園，共同推動臺灣黑熊保育活動，並於 2014年起發行國內首張玉山臺灣黑熊認同卡，邀請顧客共同響應臺灣原生物種保育。
2022年起攜手臺灣大學共同推動，10年內於玉山山脈地區種植10萬棵包含臺灣紅檜、臺灣扁柏、臺灣杉、肖楠、巒大杉等臺灣特有原生柏木樹種，面積達50公頃，其中2.5萬株留存木將成長超過百年，為國土保安與水土保持奠下基礎。
自2014年起與玉山國家公園管理處和慈心有機農業發展基金會合作「玉山瓦拉米計畫」，推動轉型有機農法及地方創生，鼓勵當地農民從事有機轉作，讓糧食生產也能守護生物多樣性，並於生態調查發現十分稀少的臺灣特有魚類 - 菊池氏細鯽。
自 2010年起每年舉辦「美麗臺灣 Smile玉山」環保清掃與淨灘活動，為響應世界清潔日，於9至11月舉辦營業據點周邊街道環保清掃及淨灘，用具體行動減塑減廢、守護美麗的家園。
自2008年起投入玉山國家公園步道認養，維護玉山園區約260公里之步道設施及環境清潔，並參與宣導生態保育與環境保護教育，同時也鼓勵玉山人實際參與，共同為環境保護盡一份心力。
自2019年起攜手農業部林業保育署共同推動國有林及海岸林植林計畫，每年栽種1萬棵台灣原生種樹苗。將有助減緩溫室效應及維護生物多樣性，共創臺灣生態永續發展。
