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玉山支持全球多樣性保育公約，為促進永續生態發展及實現聯合國永續發展目標（SDG13 氣候行動、SDG14 海洋生態、SDG15 陸地生態），自然環境及生物多樣性發展策略以「物種保育、棲地維護、環境永續」為 3 大主軸，從自身做起，主動響應國際及國內環境永續倡議，於 2022 年主動加入 TNFD（自然相關財務揭露）， 並於 2023 年成為加入TNFD先行者的企業。玉山於 2024 年 11 月發布「2023 氣候自然報告書」，為臺灣首本經 BSI 符合性查核成熟度等級為最高評級「Level 5：Excellence」的報告書，持續朝「人與⾃然和諧共存」的願景邁進。
自 2008 年起投入玉山國家公園步道認養，維護玉山園區約 260 公里之步道設施及環境清潔，並參與宣導生態保育與環境保護教育，同時也⿎勵⽟⼭⼈實際參與，共同為環境保護盡⼀份⼼⼒。
自 2010 年起每年舉辦「美麗臺灣 Smile 玉山」環保清掃與淨灘活動，為響應世界清潔日，於 9 至11 月舉辦營業據點周邊街道環保清掃及淨灘，用具體⾏動減塑減廢、守護美麗的家園。
自 2012 年起結合臺北巿立動物園，共同推動臺灣黑熊保育活動，並於 2014 年起發行國內⾸張⽟⼭臺灣⿊熊認同卡，邀請顧客共同響應臺灣原⽣物種保育。
自 2014 年起與玉山國家公園管理處和慈心有機農業發展基金會合作「玉山瓦拉米計畫」，推動轉型有機農法及地方創生，鼓勵當地農民從事有機轉作，讓糧食生產也能守護生物多樣性，並於生態調查發現十分稀少的臺灣特有⿂類 - 菊池⽒細鯽。
自 2019 年起攜手農業部林業保育署共同推動國有林及海岸林植林計畫，每年栽種 1 萬棵臺灣原生種樹苗。將有助減緩溫室效應及維護生物多樣性，共創臺灣⽣態永續發展。
自 2019 年起與國立海洋⽣物博物館合作「海⻱保育計畫」，執⾏救傷醫療、海⻱野放、⽣態教育等⾏動⽅案。
自 2020 年起與國立自然科學博物館推出一系列北極熊保育活動。
2022 年起攜手臺灣大學共同推動，10 年內於玉山山脈地區種植 10 萬棵包含臺灣紅檜、臺灣扁柏、臺灣杉、肖楠、巒大杉等臺灣特有原生柏木樹種，面積達 50 公頃，其中 2.5 萬株留存木將成長超過百年，為國土保安與⽔⼟保持奠下基礎。
